As atribuições da Corregedoria-Geral, órgão de administração superior, são desempenhadas por um conselheiro. São elas:

- Supervisionar os serviços de controle interno do TCE/SC
- Realizar correições e inspeções nas atividades dos órgãos de controle, dos auditores e conselheiros, para verificar, dentre outros aspectos, a distribuição dos processos, e observar os prazos legais e regimentais e a uniformidade das decisões do TCE/SC
- Instaurar e presidir processo administrativo disciplinar contra conselheiro e auditor precedido ou não de sindicância
- Propor medidas de racionalização e otimização do serviço dos órgãos de controle e de consultoria e da Secretaria-Geral
- Propor providências para agilizar a tramitação de processos
- Receber e processar reclamações e representações formuladas contra conselheiros e auditores
- Tomar providências quanto aos pedidos formulados à Corregedoria-Geral.