Em Santa Catarina, foi a Constituição de 1947 que previu a criação de um órgão responsável pelo controle da aplicação dos recursos públicos no Estado e nos municípios catarinenses. Mas a criação do TCE/SC só se concretizou em 4 de novembro de 1955, com a Lei Estadual n° 1.366, sancionada pelo governador Irineu Bornhausen.

A matéria, de iniciativa do governador Aderbal Ramos da Silva, ficou cinco anos tramitando na Assembleia Legislativa até ser aprovada. O Projeto de Lei 141/50, de 30 de outubro de 1950, propondo a criação do órgão, foi submetido a vários exames nas comissões de Finanças e de Constituição e Justiça e arquivado mais de uma vez.

Finalmente, em 3 de novembro de 1955, a proposta foi apreciada e aprovada pelo Legislativo e, no dia seguinte, foi sancionada pelo governador Irineu Bornhausen, que nomeou os sete primeiros integrantes do TCE/SC, os então denominados “juízes”: João Bayer Filho, João José de Souza Cabral, Leopoldo Olavo Erig, Nelson Heitor Stoeterau, Nereu Corrêa de Souza, Monsenhor Pascoal Gomes Librelotto e Vicente João Schneider.

A sessão instalação do TCE/SC, no Palácio Cruz e Sousa, sede do Governo Estadual, foi no dia 6 de fevereiro de 1956, no início da gestão de Jorge Lacerda. Na primeira sessão, João Bayer Fillho foi eleito presidente do TCE/SC. O órgão funcionou no Cruz e Sousa até abril de 1956, enquanto prosseguiam as obras da sua primeira sede, na Praça XV de Novembro, no centro de Florianópolis.

Vinte anos depois, em março de 1976, o TCE se transferiu para as atuais instalações, na Praça Tancredo Neves, inaugurando prédio anexo em 2012.